- پژوهشکده برق
- پژوهشکده بیوتکنولوژی صنعتی
- پژوهشکده تکنولوژی تولید
- پژوهشکده توسعه تکنولوژی
- پژوهشکده توسعه صنایع شیمیایی
- پژوهشکده توسعه و برنامه‌ریزی
- پژوهشکده زلزله و سوانح طبیعی
- پژوهشکده علوم بهداشتی
- پژوهشکده علوم و فناوری مواد غذایی
- پژوهشگاه علوم انسانی و مطالعات اجتماعی
- پژوهشگاه علوم سلولی (رویان)
- پژوهشکده فرآوری مواد معدنی
- پژوهشکده فناوری اطلاعات و ارتباطات
- پژوهشکده گردشگری
- پژوهشکده گیاهان دارویی
- پژوهشکده مواد نوین سرامیکی یزد
- پژوهشکده فن آوری های زخم و ترمیم بافت (یارا)
- پژوهشکده مطالعات توسعه
- پژوهشکده محیط زیست
- پژوهشگاه فناوری‌های نوین علوم زیستی (ابن سینا)
- پژوهشکده سرطان معتمد
- پژوهشکده علوم پایه کاربردی